本系為因應國立高雄大學（以下簡稱本校）設校目標，奉准於2001年8月1日（90學年度）成立並開始招生。成立理由乃鑑於當時高等教育裡「運動」、「健康」、「休閒」等相關系所培養學生只具備單一運動、健   康、休閒遊憩、觀光之專業技能或素養，欠缺彼此連貫與整合；而為達成全人健康目標，現況裡除須修習身心健康基本學理外，更需學習促進健康之運動指導與技能，以及促進健康之休閒遊憩規劃與管理專業能力。職此之故，為與歐美國家高等教育同步發展，本校遂整合「運動」、「健康」及「休閒」三個領域成立「運動健康與休閒學系」。

　　本系成立之時，為台灣當時新興系所之一，更是現階段高等教育裡相關系所設立的參考指標。本系設立目標除在彌補傳統學系過於分化、分流的窘境外，主要是將運動、健康與休閒知能結合，即延伸「運動」與「休閒」本質，更融入「健康」知能，真正落實領域學門整合目標，進而培植出理論與實務並重、人文與科技兼具之全方位健康運動指導與健康休閒規劃專業人才，以突顯本系的教育理念

　　本系融合運動、健康與休閒之專業，進而提升健康運動和休閒知能與發展，共創全人之健康。鑑於歐美國家整合運動、健康與休閒而成的相關系所發展已逾五十載，為配合市場需求及考量回流教育供給，遂於2004年8月1日（93學年度）成立二年制在職專班；然而隨著回流教育市場的飽和，在報考人數逐年遞減情形下，為降低系所經營成本，於2012年8月1日（101學年度）起停招，當年並立即轉型為碩士在職專班，持續辦理更高階的回流教育。　

　　　本系乃依社會發展趨勢規劃教學與研究，更積極推動各場域的健康促進概念，例如：社區營造、健康推廣、職場健康體能以及運動防護等；培養職場的健康促進人才，譬如加強安全急救學及學校衛生知識就顯得十分重要。同時，為因應國家六大新興產業發展，觀光旅遊和健康促進正是本系積極拓展的教學目標，例如：設置外語觀光旅遊學程、生態旅遊及原住民健康促進等課程。為因應高齡化社會來臨，亦加強高齡群運動及休閒遊憩活動規劃相關課程。職此之故，於2007年8月1日（96學年度）成立碩士班，讓已整合領域知識應用在高階的教育裡，也期望培育更具全方位健康運動指導與健康休閒規劃之專業人才，以呼應本系的教育理念。