運動健康與休閒學系為因應國立高雄大學（以下簡稱本校）設校目標而設立。2000 年 4 月教育部核定本校自 90 學年度（2001–2002）起增設本系； 並於 2001 年 1 月獲准於 90 學年度（2001–2002）設立本系，招收第一屆學士班學生。其後，本系於 2001 年 8 月正式成立並開始招生。

本系成立的核心理念，在於回應高等教育中「運動、健康、休閒」相關系所多偏向單一領域培育，較缺乏跨域整合與連貫學習之現象。 為促進全人健康，除身心健康之基礎理論外，亦需具備健康促進導向之運動指導能力，以及健康導向之休閒遊憩規劃與管理能力。

因此，本系整合運動、健康與休閒三個面向，培養兼具理論與實務、人文與科技素養之專業人才，並以「健康促進」作為系所教學與專業發展的共同語言， 訂定本系兩大人才培育目標：

• （1）培育具備健康知能之運動指導與規劃專才。
• （2）培育具備健康知能之休閒規劃與管理專才。

本系依社會趨勢規劃教學與研究，積極推動多場域健康促進，涵蓋社區健康、職場健康體能與運動防護等面向， 並強化安全急救與學校衛生等職場關鍵能力。

同時，結合觀光與健康促進等跨域需求，發展外語觀光與生態旅遊相關課程；並因應高齡化社會，增設高齡運動與休閒活動規劃相關課程， 以回應社會需求與產業發展。

• 2000 年 4 月

  教育部核定本校自 90 學年度（2001–2002）起增設本系。

• 2001 年 1 月

  獲准於 90 學年度（2001–2002）設立本系，招收第一屆學士班學生。

• 2001 年 8 月

  本系正式成立並開始招生（90 學年度，2001–2002）。

• 2004 年

  設立二年制在職專班（93 學年度，2004–2005）。

• 2007 年

  設立碩士班（96 學年度，2007–2008）。

• 2012 年

  二年制在職專班轉型為碩士在職專班（101 學年度，2012–2013）。